Александрия была основана в качестве портового города в 332-331 годах до Рождества Христова Александром Македонским. Так как она была резиденцией династии Птолемеев, то Александрия стала средоточием эллинистической культуры и науки. Здесь был совершен первый перевод Библейских книг, который затем способствовал распространению христианства в античном мире, и именно этот перевод лег в основу славянских переводов Библии.

Основание Александрийской Церкви приписывается святому апостолу Марку, который благовествовал в Египте, Фиваиде и Пенталопе. Им было основано  в Александрии много церквей, и там он завершил свой земной путь.

Его тело погребено в церкви Букола, в которой впоследствии, у его гроба обрели успокоение по Александрийской кафедре.

Это место привлекало к себе множество паломников, а в 828 году тайным изъятием венецианских купцов мощи апостола были перевезены в Венецию.

Изначально юрисдикция Александрийской Церкви распространялась на Египет и часть Северной Африки, которая входила в Римскую империю.

В первые христианские века православные Египта претерпевали гонения от римских императоров - в 202 году, после посещения императором Септимием Севером Палестины, он стал гнать христиан, также как и следующий император, Деций.

Император Валериан, сначала относившийся к христианам благосклонно, в последние годы своего правления также стал их преследователем, но в 260 году его сын Галлиен прекратил гонения.

Во втором-третьем веках Александрийская Церковь знала немало мучеников и исповедников веры Христовой, претерпевших страдания от местных властей и язычников. И только после издания императором Константином Великим о прекращении гонений на христиан был утвержден Миланский эдикт, согласно которому каждый полил право исповедовать религию по собственному выбору.